办理农村房屋房产证的流程如下：1、填写农村村民建房用地申请审批表；2、收集相关的证件材料后，向当地房屋管理所提交；3、等待房屋管理所受理，并进行公告、审核；4、缴纳费用；5、等待发证。法律依据：《民法典》第二百零九条不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。第二百一十条不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
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