即便签订了补偿协议，仍可以针对公司辞退行为申请劳动仲裁，但需要注意时效。依据《劳动争议调解仲裁法》，自知道或应知权利被侵害之日起，劳动争议申请仲裁的时效为一年。超过这个时间限制，可能无法再申请仲裁。
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